ABSTRACT In order to determine the frequency of community-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus (CA-MRSA) isolates and to describe the antimicrobial resistance pattern and genotype, a cross-sectional study was conducted in 2017 at the Hospital Nacional Cayetano Heredia in Lima, Peru. We found a MRSA prevalence of 46.1% in the 115 analyzed S. aureus isolates; most were reported from different secretions (26.4%) and blood (18.9%). We found high co-resistance (>75%) to clindamycin, erythromycin, gentamicin and ciprofloxacin. Regarding SSCmec typification, most of the isolates were identified as hospital-acquired MRSA (HA-MRSA) and a minority of them as CA-MRSA (2.6%). Despite its low prevalence when compared to other Latin American countries (27%), epidemiological surveillance is recommended to control local CA-MRSA dissemination.

RESUMEN Con el objetivo de determinar la frecuencia de aislamientos de Staphylococcus aureus meticilinorresistente adquirido en la comunidad (MRSA-AC) y describir el patrón de resistencia antimicrobiana y de genotipo, se realizó un estudio transversal en el 2017 en el Hospital Nacional Cayetano Heredia en Lima, Perú. De los 115 aislamientos de S. aureus analizados, se determinó una frecuencia de MRSA del 46,1%, la mayoría provenientes de secreciones de diferentes tipos (26,4%) y sangre (18,9%). Se encontró alta corresistencia (>75%) a clindamicina, eritromicina, gentamicina y ciprofloxacina entre los aislamientos de MRSA. Según la tipificación de SCCmec, la mayoría correspondían a cepas de MRSA adquirido en un hospital (MRSA-AH) y, solo un pequeño grupo (2,6%) correspondían a MRSA-AC. A pesar de la baja frecuencia descrita con relación a países vecinos (27%), es necesario mantener una adecuada vigilancia epidemiológica local para evitar la propagación local de MRSA-AC.

ABSTRACT In order to determine the frequency of community-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus (CA-MRSA) isolates and to describe the antimicrobial resistance pattern and genotype, a cross-sectional study was conducted in 2017 at the Hospital Nacional Cayetano Heredia in Lima, Peru. We found a MRSA prevalence of 46.1% in the 115 analyzed S. aureus isolates; most were reported from different secretions (26.4%) and blood (18.9%). We found high co-resistance (>75%) to clindamycin, erythromycin, gentamicin and ciprofloxacin. Regarding SSCmec typification, most of the isolates were identified as hospital-acquired MRSA (HA-MRSA) and a minority of them as CA-MRSA (2.6%). Despite its low prevalence when compared to other Latin American countries (27%), epidemiological surveillance is recommended to control local CA-MRSA dissemination.

RESUMEN Con el objetivo de determinar la frecuencia de aislamientos de Staphylococcus aureus meticilinorresistente adquirido en la comunidad (MRSA-AC) y describir el patrón de resistencia antimicrobiana y de genotipo, se realizó un estudio transversal en el 2017 en el Hospital Nacional Cayetano Heredia en Lima, Perú. De los 115 aislamientos de S. aureus analizados, se determinó una frecuencia de MRSA del 46,1%, la mayoría provenientes de secreciones de diferentes tipos (26,4%) y sangre (18,9%). Se encontró alta corresistencia (>75%) a clindamicina, eritromicina, gentamicina y ciprofloxacina entre los aislamientos de MRSA. Según la tipificación de SCCmec, la mayoría correspondían a cepas de MRSA adquirido en un hospital (MRSA-AH) y, solo un pequeño grupo (2,6%) correspondían a MRSA-AC. A pesar de la baja frecuencia descrita con relación a países vecinos (27%), es necesario mantener una adecuada vigilancia epidemiológica local para evitar la propagación local de MRSA-AC.

ABSTRACT Objectives: To standardize and validate an in-house RT-LAMP test for the detection of SARS-CoV-2, based on laboratory and field assays using samples from COVID-19 suspected patients. Materials and methods: An in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP molecular test was standardized, establishing the detection limit with Vero cells of isolated Peruvian strains of SARS-CoV-2, and the robustness to various concentrations of primers. The laboratory validation was performed with 384 nasal and pharyngeal swab samples (UFH) obtained between March and July 2020. The field validation was performed with 383 UFH obtained from COVID-19 suspected symptomatic cases. All samples were tested by RT-LAMP and RT-qPCR. The RT-qPCR was considered as the reference standard test. The concordance measures and diagnostic performance were calculated. Results: The detection limit was consistent in cases with Ct <30 in both tests, showing efficiency to detect up to 1000 copies/μL of the target gene. Robustness was evidenced with half of the primer concentrations and 20 μL of final volume. Absence of amplification was identified for other HCoVs. Concordance showed a kappa index of 0.88 (95% CI: 0.83-0.93) and 0.89 (95% CI: 0.84 - 0.94) in laboratory and field settings, respectively. The sensitivity value in the laboratory was 87.4% (95% CI: 80.8 - 92.4) and 88.1% in the field (95% CI: 81.6 - 92.9). The specificity value in both settings was 98.8% (95% CI: 96.4-99.7). Conclusions: The in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP test was successfully validated based on its adequate robustness, no cross-reactions, good concordance, and diagnostic performance compared to RT-qPCR.

RESUMEN Objetivos: Estandarizar una prueba RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 y validarla con muestras de laboratorio y de campo en pacientes con sospecha clínica de COVID-19. Materiales y métodos: Se estandarizó una prueba molecular RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 estableciéndose el límite de detección con células Vero de cepas peruanas aisladas de SARS-CoV-2. Se validó la prueba en laboratorio con 384 muestras de hisopado nasal y faríngeo (HNF) obtenidas entre marzo y julio de 2020. Para la validación de campo se obtuvieron muestras de HNF de 383 casos sintomáticos sospechosos de COVID-19. Todas las muestras fueron evaluadas por RT-LAMP y RT-qPCR. Para la validación de laboratorio y de campo se consideró como estándar de referencia al RT-qPCR, se calcularon medidas de concordancia y rendimiento diagnóstico. Resultados: El límite de detección fue consistente en los casos con umbral de ciclo (Ct) Ct < 30 en ambas pruebas, mostrando eficiencia para detectar hasta 1000 copias/µL del gen diana. Se evidenció robustez con la mitad de las concentraciones de cebadores y 20 µL de volumen final. Se identificó ausencia de amplificación para otros coronavirus humanos. La concordancia en laboratorio obtuvo un Kappa de 0,88 (IC 95%: 0,83-0,93) y en campo fue de 0,89 (IC 95%: 0,84−0,94); la sensibilidad en laboratorio fue de 87,4% (IC 95%: 80,8−92,4) y en campo fue de 88,1% (IC 95%: 81,6−92,9), la especificidad en ambos escenarios fue de 98,8% (IC 95%: 96,4−99,7). Conclusiones: La prueba RT-LAMP in house fue validada por presentar una adecuada robustez, sin reacciones cruzadas, buena concordancia y rendimiento diagnóstico comparado con el RT-qPCR.

ABSTRACT Objectives: To standardize and validate an in-house RT-LAMP test for the detection of SARS-CoV-2, based on laboratory and field assays using samples from COVID-19 suspected patients. Materials and methods: An in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP molecular test was standardized, establishing the detection limit with Vero cells of isolated Peruvian strains of SARS-CoV-2, and the robustness to various concentrations of primers. The laboratory validation was performed with 384 nasal and pharyngeal swab samples (UFH) obtained between March and July 2020. The field validation was performed with 383 UFH obtained from COVID-19 suspected symptomatic cases. All samples were tested by RT-LAMP and RT-qPCR. The RT-qPCR was considered as the reference standard test. The concordance measures and diagnostic performance were calculated. Results: The detection limit was consistent in cases with Ct <30 in both tests, showing efficiency to detect up to 1000 copies/μL of the target gene. Robustness was evidenced with half of the primer concentrations and 20 μL of final volume. Absence of amplification was identified for other HCoVs. Concordance showed a kappa index of 0.88 (95% CI: 0.83-0.93) and 0.89 (95% CI: 0.84 - 0.94) in laboratory and field settings, respectively. The sensitivity value in the laboratory was 87.4% (95% CI: 80.8 - 92.4) and 88.1% in the field (95% CI: 81.6 - 92.9). The specificity value in both settings was 98.8% (95% CI: 96.4-99.7). Conclusions: The in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP test was successfully validated based on its adequate robustness, no cross-reactions, good concordance, and diagnostic performance compared to RT-qPCR.

RESUMEN Objetivos: Estandarizar una prueba RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 y validarla con muestras de laboratorio y de campo en pacientes con sospecha clínica de COVID-19. Materiales y métodos: Se estandarizó una prueba molecular RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 estableciéndose el límite de detección con células Vero de cepas peruanas aisladas de SARS-CoV-2. Se validó la prueba en laboratorio con 384 muestras de hisopado nasal y faríngeo (HNF) obtenidas entre marzo y julio de 2020. Para la validación de campo se obtuvieron muestras de HNF de 383 casos sintomáticos sospechosos de COVID-19. Todas las muestras fueron evaluadas por RT-LAMP y RT-qPCR. Para la validación de laboratorio y de campo se consideró como estándar de referencia al RT-qPCR, se calcularon medidas de concordancia y rendimiento diagnóstico. Resultados: El límite de detección fue consistente en los casos con umbral de ciclo (Ct) Ct < 30 en ambas pruebas, mostrando eficiencia para detectar hasta 1000 copias/µL del gen diana. Se evidenció robustez con la mitad de las concentraciones de cebadores y 20 µL de volumen final. Se identificó ausencia de amplificación para otros coronavirus humanos. La concordancia en laboratorio obtuvo un Kappa de 0,88 (IC 95%: 0,83-0,93) y en campo fue de 0,89 (IC 95%: 0,84−0,94); la sensibilidad en laboratorio fue de 87,4% (IC 95%: 80,8−92,4) y en campo fue de 88,1% (IC 95%: 81,6−92,9), la especificidad en ambos escenarios fue de 98,8% (IC 95%: 96,4−99,7). Conclusiones: La prueba RT-LAMP in house fue validada por presentar una adecuada robustez, sin reacciones cruzadas, buena concordancia y rendimiento diagnóstico comparado con el RT-qPCR.

ABSTRACT The study’s objective was to determine the epidemiological, clinical, and laboratory characteristics of cases of invasive salmonellosis and the antibiotic susceptibility profile of salmonella isolates (2013-2017), in a series of cases of patients with Salmonella spp. isolated from secretions and/or body fluids with or without positive stool culture (n=70). For the evaluation of antibiotic susceptibility, the first isolate was considered in all cases of salmonellosis (n=168). The highest frequency of cases occurred between 0 to 4 years (14.3%) and over 65 years (24.3%). The most frequent symptoms were fever (66.1%), diarrhea (40.7%), and sensory issues (40.7%). Human immunodeficiency virus (HIV) infection was the most common co-morbidity (42.4%). The frequency of susceptibility was 83.3% to ceftriaxone, 78.8% to cotrimoxazole, and 75.0% to chloramphenicol. Only 50.8% were susceptible to ciprofloxacin. We concluded that invasive salmonellosis was more common in young children and the elderly and that HIV infection was the most common comorbidity.

RESUMEN El objetivo del estudio fue determinar las características epidemiológicas, clínicas y laboratoriales de los casos de salmonelosis invasiva y el perfil de susceptibilidad antibiótica de aislamientos de salmonela (2013-2017), en una serie de casos de pacientes con Salmonella spp. aislada de secreciones y/o líquidos corporales con o sin coprocultivo positivo (n=70). Para la evaluación de la susceptibilidad antibiótica se consideró el primer aislamiento en todos los casos de salmonelosis (n=168). La mayor frecuencia de casos ocurrió entre 0 a 4 años (14,3%) y mayores de 65 años (24,3%). Los síntomas más frecuentes fueron fiebre (66,1%), diarrea (40,7%) y trastorno del sensorio (40,7%). La infección por el virus de inmunodeficiencia humana (VIH) fue la comorbilidad más frecuente (42,4%). La frecuencia de susceptibilidad fue de 83,3% a ceftriaxona, 78,8% a cotrimoxazol y 75,0% a cloranfenicol. Sólo 50,8% fueron susceptibles a ciprofloxacino. Concluimos que, la salmonelosis invasiva fue más frecuente en niños pequeños y ancianos, y que la comorbilidad más frecuente fue la infección por VIH.

ABSTRACT The study’s objective was to determine the epidemiological, clinical, and laboratory characteristics of cases of invasive salmonellosis and the antibiotic susceptibility profile of salmonella isolates (2013-2017), in a series of cases of patients with Salmonella spp. isolated from secretions and/or body fluids with or without positive stool culture (n=70). For the evaluation of antibiotic susceptibility, the first isolate was considered in all cases of salmonellosis (n=168). The highest frequency of cases occurred between 0 to 4 years (14.3%) and over 65 years (24.3%). The most frequent symptoms were fever (66.1%), diarrhea (40.7%), and sensory issues (40.7%). Human immunodeficiency virus (HIV) infection was the most common co-morbidity (42.4%). The frequency of susceptibility was 83.3% to ceftriaxone, 78.8% to cotrimoxazole, and 75.0% to chloramphenicol. Only 50.8% were susceptible to ciprofloxacin. We concluded that invasive salmonellosis was more common in young children and the elderly and that HIV infection was the most common comorbidity.

RESUMEN El objetivo del estudio fue determinar las características epidemiológicas, clínicas y laboratoriales de los casos de salmonelosis invasiva y el perfil de susceptibilidad antibiótica de aislamientos de salmonela (2013-2017), en una serie de casos de pacientes con Salmonella spp. aislada de secreciones y/o líquidos corporales con o sin coprocultivo positivo (n=70). Para la evaluación de la susceptibilidad antibiótica se consideró el primer aislamiento en todos los casos de salmonelosis (n=168). La mayor frecuencia de casos ocurrió entre 0 a 4 años (14,3%) y mayores de 65 años (24,3%). Los síntomas más frecuentes fueron fiebre (66,1%), diarrea (40,7%) y trastorno del sensorio (40,7%). La infección por el virus de inmunodeficiencia humana (VIH) fue la comorbilidad más frecuente (42,4%). La frecuencia de susceptibilidad fue de 83,3% a ceftriaxona, 78,8% a cotrimoxazol y 75,0% a cloranfenicol. Sólo 50,8% fueron susceptibles a ciprofloxacino. Concluimos que, la salmonelosis invasiva fue más frecuente en niños pequeños y ancianos, y que la comorbilidad más frecuente fue la infección por VIH.

Colistin or polymycin E is an antibiotic that was discontinued due to its renal and neurologic toxicity related to its colistin sulfate content. These adverse effects have been reduced with the use of sodium colistemathe. There is currently a more frequent use of colistin due to an increase of multi-resistant Gram negative infections, particularly in intensive care units. We present the case of a 50-year-old woman with history of surgery due to gastric perforation, use of steroids and non-steroidal anti-inflammatory drugs, that developed intra-abdominal abscesses due to multidrug resistant Acinetobacter spp. She received 34 days of intravenous colistin and developed skin hyperpigmentation, ataxia and renal failure. These adverse effects disappeared with discontinuation of the drug.

La colistina o polimixina E es un antibiótico cuyo uso fue descontinuado por la toxicidad renal y neurológica relacionadas al uso de colistina sulfato. Estos efectos adversos han disminuido con el uso del profármaco colistimetato sódico. Actualmente el uso de colistina es más frecuente debido al incremento de infecciones ocasionadas por bacilos Gram negativos multirresistentes, sobre todo en las unidades de cuidados intensivos. Presentamos el caso de una mujer de 50 años de edad con antecedente de consumo de anti-inflamatorios no esteroideos y corticoides, pos- operada de perforación gástrica que evolucionó con colecciones abdominales por Acinetobacter sp. multirresistente. Recibió 34 días de colistina endovenosa y desarrolló hiperpigmentación cutánea, ataxia (neurotoxicidad) y falla renal (nefrotoxicidad) de forma secuencial secundaria a la administración de colistina, los efectos adversos desaparecieron con la suspensión del antibiótico.

ABSTRACT This cross-sectional study was conducted from November to December of 2013 at the Cayetano Heredia National Hospital in Lima, Peru, to determine the rate of infection with vancomycin-resistant enterococcus (VRE), the resistance genotype, and associated factors. The rate of infection with VRE was 6.2% (95% confidence interval [CI]: 1.67-10.73) and the resistance genotype isolated from all strains was the vanA gene. The factors associated with colonization with VRE were previous hospitalizations (p = 0.001) and the use of third-generation cephalosporins (p = 0.016). In conclusion, perianal colonization with VRE is present in many hospital services. Moreover, the vanA gene may cause resistance to vancomycin and promote the development of vancomycin-resistant Staphylococcus aureus. Therefore, infection control measures should be adopted to prevent the dissemination of this bacterial strain in hospital settings.

RESUMEN Con el objetivo de determinar la frecuencia de colonización por el enterococo resistente a vancomicina (ERV), el genotipo de resistencia y los factores asociados, se realizó un estudio de tipo transversal durante noviembre y diciembre del 2013 en el Hospital Nacional Cayetano Heredia en Lima, Perú. Se encontró una frecuencia de colonización por ERV de 6,2% (IC 95%: 1,67-10,73), todas las cepas aisladas tenían el genotipo de resistencia vanA, y se halló que las variables hospitalización previa (p=0,001) y el uso de cefalosporinas de tercera generación (p=0,016) estaban asociadas a la colonización por ERV. En conclusión, existe colonización perianal por ERV en los diversos servicios de hospitalización, el gen vanA podría ser transmitido a gérmenes más virulentos y ocasionar la aparición de la bacteria Staphylococcus aureus resistente a vancomicina (VRSA). Es necesario adoptar medidas de control de infecciones para evitar la transmisión de esta bacteria en el ambiente hospitalario.

Objectives: To determine the prevalence of micro-organisms and their susceptibility pattern among endotracheal isolates in an intensive care unit in national hospital in Lima. Methods: An observational, descriptive study was carried-out from January to December 2016, 195 positive isolates from endotracheal aspirates of patients under mechanical ventilation were analyzed. Results: Acinetobacter spp. was the most common bacteria isolates (28%), followed by Pseudomonas aeruginosa (22%) and Klebsiella pneumoniae (14%). Acinetobacter spp. was highly resistant to carbapenems (90% to meropenem and 88% to imipenem). Conclusions: Multi-drug resistant Acinetobacter spp. was the most common pathogen isolated in this setting.

Objetivos: Determinar la frecuencia de microorganismos y el patrón de susceptibilidad antimicrobiana en aislamientos de cultivos de secreción endotraqueal en la unidad de cuidados intensivos de un hospital nacional de Lima. Material y métodos: Estudio observacional, descriptivo. Se incluyeron 195 cultivos positivos de secreción endotraqueal de pacientes en ventilación mecánica durante el periodo enero a diciembre del 2016. Resultados: Acinetobacter sp. fue la bacteria más frecuentemente aislada (28%) seguido por Pseudomonas aeruginosa (22%) y Klebsiella pneumoniae (14%), Los aislamientos con Acinetobacter sp. presentaron una elevada resistencia a antibióticos carbapenémicos (meropenem 90% eimipenem 88%). Conclusiones: Se identificó una elevada frecuencia de Acinetobacter sp. En cultivos de secreción traqueal en la unidad de cuidados intensivos, con un patrón de multirresistencia.

This cross-sectional study was conducted from November to December of 2013 at the Cayetano Heredia National Hospital in Lima, Peru, to determine the rate of infection with vancomycin-resistant enterococcus (VRE), the resistance genotype, and associated factors. The rate of infection with VRE was 6.2% (95% confidence interval [CI]: 1.67-10.73) and the resistance genotype isolated from all strains was the vanA gene. The factors associated with colonization with VRE were previous hospitalizations (p = 0.001) and the use of third-generation cephalosporins (p = 0.016). In conclusion, perianal colonization with VRE is present in many hospital services. Moreover, the vanA gene may cause resistance to vancomycin and promote the development of vancomycin-resistant Staphylococcus aureus. Therefore, infection control measures should be adopted to prevent the dissemination of this bacterial strain in hospital settings.

Con el objetivo de determinar la frecuencia de colonización por el enterococo resistente a vancomicina (ERV), el genotipo de resistencia y los factores asociados, se realizó un estudio de tipo transversal durante noviembre y diciembre del 2013 en el Hospital Nacional Cayetano Heredia en Lima, Perú. Se encontró una frecuencia de colonización por ERV de 6,2% (IC 95%: 1,67-10,73), todas las cepas aisladas tenían el genotipo de resistencia vanA, y se halló que las variables hospitalización previa (p=0,001) y el uso de cefalosporinas de tercera generación (p=0,016) estaban asociadas a la colonización por ERV. En conclusión, existe colonización perianal por ERV en los diversos servicios de hospitalización, el gen vanA podría ser transmitido a gérmenes más virulentos y ocasionar la aparición de la bacteria Staphylococcus aureus resistente a vancomicina (VRSA). Es necesario adoptar medidas de control de infecciones para evitar la transmisión de esta bacteria en el ambiente hospitalario.

Background: Sporothricosis is endemic in numerous Latin American countries and the rest of the world. In Peru is concentrated in regions with warm and humid climate being little known in the rest of the country. Aim: To describe the epidemiological, clinical and laboratory characteristics of patients diagnosed of sporotrichosis in a tertiary-care level hospital in Lima, Peru from 1991 to 2014. Methods: This was a retrospective, case series. Results: Ninety four patients were involved; most of them were male adults. This condition was acquired more frequently in Cajamarca, Apurímac, and Amazonas. Fixed and lymphocutaneous form were the most frequent forms of presentation in adults and were mostly distributed in upper limbs. Lesions located in head and neck were most frequent in children. Comorbidities were present in 15% of patients and were more frequent in those who presented disseminated cutaneous form. Seventy eight percent of cultures from skin lesions were positive within 7 days. The time to positivity of cultures was longer if the sample came from skin biopsies than skin scraping or skin aspiration. Conclusions: Most cases of sporotrichosis were acquired in areas of extreme poverty in Peru. The clinical, epidemiological and laboratory findings were similar to those reported elsewhere. The time to positivity of cultures varies based on the type of skin sample. This finding needs to be further evaluated in studies with an increased number of cases.

Introducción: La esporotricosis es una afección endémica en numerosos países latinoamericanos y en el resto del mundo. En Perú se concentra en regiones con clima cálido y húmedo, siendo poco conocida en el resto del país. Objetivo: Describir las características epidemiológicas, clínicas y de laboratorio de esporotricosis en pacientes de un hospital de tercer nivel en Lima-Perú, entre los años 1991 y 2014.Método: Estudio descriptivo, retrospectivo, tipo serie de casos. Resultados: Se incluyeron 94 pacientes, la mayoría de los cuales fueron adultos del sexo masculino. Los lugares de adquisición más frecuentes fueron Cajamarca, Apurímac, y Amazonas. Las formas linfo-cutánea y cutánea fija fueron observadas con mayor frecuencia en adultos y, en especial de localización en los miembros superiores. Las localizaciones en la cabeza y el cuello fueron más frecuentes en niños. Co-morbilidades estuvieron presentes en 15% de pacientes, en particular en aquellos con la forma cutánea diseminada. El 78% de los cultivos procedentes de lesiones cutáneas fueron positivos dentro de siete días, y el tiempo de positividad fue mayor en cultivos de biopsia que en las muestras por raspado-aspirado. Conclusiones: Esporotricosis fue adquirida mayoritariamente en zonas del Perú con pobreza extrema. Las características clínicas, epidemiológicas y de laboratorio no difieren de las reportadas en otros estudios. El tiempo de positividad de los cultivos varía según tipo de muestra, lo que deberá ser mejor evaluado en estudios futuros.